The New York Times

      Seria teorii spiskowych sugerująca, iż za zamach na World Trade Center i Pentagon odpowiada bezpośrednio lub pośrednio ówczesny rząd Stanów Zjednoczonych. Część osób głoszących tego rodzaju teorie uważa, że administracja rządu prezydenta Busha nie zrobiła wszystkiego, by zapobiec tym zamachom, inni twierdzą wprost, że zamachy zostały zaplanowane i przeprowadzone przez służby wewnętrzne Stanów Zjednoczonych. Tego typu podejrzenia były wielokrotnie krytykowane w różnych mediach, między innymi w czasopismach popularnonaukowych. Pomimo to w sondażu przeprowadzonym w 2006 roku przez Scripps Howard z Uniwersytetu w Ohio ponad jedna trzecia respondentów stwierdziła, iż pracownicy rządu USA pomogli przeprowadzić te ataki lub rozmyślnie nie uczynili nic, by im zapobiec. Z kolei w telefonicznym sondażu przeprowadzonym w tym samym roku przez Zogby International wśród Amerykanów połowa osób odpowiedziała, iż George Bush wykorzystał zamachy z 11 września jako pretekst do wojny z Irakiem. W maju 2008 tygodnik Laif opublikował artykuł, według którego blisko 7 lat po zamachach z 11 września 46% Amerykanów nie wierzy w wersję wypadków podawaną przez rząd. Niemal połowa Amerykanów, w tym wielu naukowców i polityków, domaga się ponownego śledztwa w sprawie zamachów z 11 września. W dniu 9 czerwca 2008 w amerykańskim kongresie zostało złożone oskarżenie przeciwko George W. Bushowi, które zapoczątkowało procedurę jego impeachmentu. Oskarżenie zaprezentował w Izbie Reprezentantów Dennis Kucinich. Pierwszy z 35 artykułów oskarżenia zarzuca prezydentowi stworzenie tajnej kampanii propagandowej mającej na celu sfabrykowanie fałszywego pretekstu do wojny przeciwko Irakowi. Alternatywne teorie związane z wydarzeniami 11 września były wielokrotnie opisywane w prasie popularnonaukowej i fachowej gdzie próbowano dowodzić nieprawdziwości wielu z tych twierdzeń. Wiele z teorii spiskowych próbowano udowodnić w sądzie, lecz sprawy zostały oddalone. Osoby domagające się ponownego śledztwa utrzymują, że żadna stalowa konstrukcja jeszcze nigdy nie zawaliła się na skutek pożaru. Tymczasem 11 września 2001 zawaliły się dwie główne wieże WTC oraz stojący nieopodal 47-piętrowy budynek WTC7, w który bezpośrednio nie uderzył żaden samolot. WTC7 płonął przez kilka godzin zanim zawalił się, ale w porównaniu z innymi pożarami wieżowców, które pomimo pożarów nie zostały całkowicie zniszczone (Filadelfia 1991 – pożar trwający 18 godzin, Madryt 2005 – pożar trwający około 10 godzin), w budynku tym nie działał system przeciwpożarowy z powodu braku wody. W przypadku wspomnianych innych długotrwałych pożarów budynków o podobnej konstrukcji w Madrycie i Filadelfii jeżeli dochodziło do zawalania się pięter to nie powodowało to zawalania się pięter poniżej aż do najniższego poziomu. W przypadku budynków WTC1 i WTC2, znanych jako "Dwie Wieże", pożar spowodowany uderzeniem samolotów nie trwał długo i nie spowodował długotrwałego wzrostu temperatury. Dowodem mogą być zdjęcia i zbliżenia w filmach tych rejonów budynków, w których widać ludzi stojących w otworach pouderzeniowych, machających do ludzi znajdujących się na zewnątrz, na poziomie ziemi. Według teorii spiskowej Twin Towers i WTC7, zostały zniszczone przy użyciu kontrolowanych detonacji ładunków wybuchowych. Zgodnie z oficjalnym raportem National Institute of Standards and Technology nie ma żadnych dowodów na użycie jakichkolwiek ładunków wybuchowych.

USA dysponuje bardzo zaawansowanym systemem szybkiego reagowania na wypadek nieautoryzowanego naruszania przestrzeni lotniczej o nazwie NORAD. Według oficjalnej wersji 11 września system ten zawiódł we wszystkich 4 przypadkach. Analiza związanych z tym przyczyn i okoliczności dostarcza argumentów potwierdzających tezę, jakoby nie był to przypadek. Po zamachach pojawiły się w mediach informacje o tym, że NORAD ćwiczył już wcześniej odpowiedź na zamachy, których scenariusz przypominałby ten z 11 września 2001 roku. W dniu samych zamachów również odbywały się ćwiczenia symulujące m.in. przypadek porwania małego samolotu mającego uderzyć w jeden z budynków rządowych w USA

W przypadku każdej katastrofy budowlanej lub lotniczej obowiązujące procedury zabraniają niszczenia dowodów przed oficjalnym stwierdzeniem przyczyn tejże katastrofy i wyciągnięciem wniosków umożliwiających zapobieganie podobnym wypadkom w przyszłości. Zgodnie z teorią spiskową uprzątnięcie terenu po zniszczonych wieżach WTC było przypadkiem skrajnie odmiennego działania. Według szefa National Institute of Standards and Technology pobrano wystarczającą ilość próbek, inżynierowie badający ruiny budynków mieli stały dostęp do materiałów usuwanych z placu budowy, usunięcie gruzu i złomu w żaden sposób nie wpłynęło na śledztwo. Twierdzi się, że nie tylko nie zabezpieczono należycie dowodów, które pozwoliłyby zrozumieć mechanizmy zawalenia się trzech budynków kompleksu WTC, ale zwyczajnie pozbyto się ich w celu ukrycia prawdziwych przyczyn tej katastrofy. Dla przykładu 50 000 ton stali odzyskanej z rumowiska sprzedano 3 miesiące później chińskiej firmie Baosteel po cenie 120 USD za tonę, co zdaniem zwolenników teorii spiskowej ma świadczyć o mataczeniu, ponieważ średnia cena za tonę złomu płacona przez chińskie firmy wynosiła wówczas 150,6 USD.

Pod hasłem prior knowledge kryją się spekulacje dotyczące informacji świadczących o tym, że wybrani urzędnicy rządu USA wiedzieli wcześniej o zamachach i ich scenariuszu. Zagadnienie to było poruszane m.in w filmie Fahrenheit 9.11. Spekulacje dotyczą również informacji o operacjach finansowych tuż przed 11 września. Brytyjska telewizja BBC oraz agencja Reuters nieprawidłowo poinformowały o zawaleniu się budynku WTC7 na ponad 20 min przed tym zdarzeniem, co zdaniem zwolenników teorii spiskowych ma świadczyć o wcześniejszej wiedzy na temat zamachów. Według BBC była to pomyłka reporterki, która dopiero co przybyła na scenę wydarzeń, oraz wina nieprawidłowej informacji otrzymanej z agencji Reuters. Agencja Reuters wydała oświadczenie, że informacja o zawaleniu się budynku WTC7 została podana przez miejscową agencję i bez jej weryfikacji przekazana dalej.